环境生态工程与污染修复实验室为我校“十三五”新增山东省高校重点实验室，由环境科学与工程及相关学科整合而成。目前已形成3个稳定的学术研究方向及团队：
（1）环境污染治理过程的微生物学原理及调控
主要研究内容包括：城市污水处理系统微生物多样性、人工湿地指示与病原微生物去除机理及风险评价、利用微生物制剂调控水产养殖系统等。
“十三五”期间，该方向拟在以下方面取得突破：以人工湿地为研究对象，采用微生物学和分子生物学方法，建立环境生态工程系统环境安全评价方法和体系；分析大气颗粒物对土壤、植物系统群落结构及代谢功能多样性的影响，确定大气颗粒物的生态效应。
（2） 水环境模拟与环境污染修复
主要研究内容包括：湖泊（水库）水环境模拟与污染评估；湖库富营养化预测、预警及防治技术；海岸带石油污染生物修复。
“十三五”期间，该方向拟在以下方面取得突破：流域污染、城市黑臭河道整治技术与应用；海洋溢油应急处理、石油污染海岸带的高效生物修复、石油修复微生物制剂的开发与应用、近岸环境安全评价等。
（3） 环境生态工程理论与应用
本研究方向重点开展污染生态过程与机理、近海环境恢复与滨海湿地管理等方面的研究工作。
“十三五”期间，该方向拟在以下方面取得突破：平原水库富营养化防治关键工程技术方法及应用；污染物对近海环境质量的影响及其调控方法；滨海湿地保护、环境污染生态修复工程技术理论与应用。
